超速扣了12分后，应按以下步骤处理：
扣留驾驶证
公安机关交通管理部门将扣留你的驾驶证，并通知你参加满分教育和考试。
参加学习和考试
你需要在规定的时间内（通常是十五日内）到机动车驾驶证核发地或者违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。
学习结束后，车辆管理所会安排你在二十日内进行道路交通安全法律、法规和相关知识的考试。
考试合格
如果你考试合格，记分将被清除，并且会发还你的机动车驾驶证。
考试不合格
如果你考试不合格，需要继续参加学习和考试，直到考试合格为止。
拒不参加学习或考试
如果你拒不参加学习或考试，公安机关交通管理部门将公告你的机动车驾驶证停止使用。
其他处罚
对于驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆在高速公路或城市快速路上超速行驶超过规定时速20%以上的，除了扣除12分外，还会罚款200元。
建议你在处理超速扣12分的情况时，严格按照相关规定进行学习和考试，以确保能够尽快恢复驾驶资格。