做日本代购时，通过海关的流程通常包括以下几个步骤：
文件准备
确保您有所有必要的文件，如发票、装箱清单、运输文件、原产地证明、海运/空运提单等。
货物抵达
货物到达日本港口或机场后，与货代或物流公司合作处理。
进口申报
提交进口申报，通常通过电子方式向日本海关报告货物和相关信息。
关税和进口税
计算并支付适用的关税和进口税，关税率和税费依据货物类型和价值而异。
安全检查和验货
海关可能会对货物进行安全检查和验货，以确保其完整性和合规性。
审批和清关
一旦海关审查并确定货物合规，将批准清关，之后可以将货物带出港口或机场。
提货或派送
清关完成后，可以选择提货或派送。
税务申报
根据日本税法要求，可能需要向税务部门报告进口的货物，通常由清关代理或会计师处理。
请注意，根据《海关总署公告2010年第43号》，个人邮寄进境物品应征进口税税额在人民币50元（含50元）以下的，海关予以免征。超过此金额可能需要缴纳相应的关税和进口税。
另外，请确保如实申报货物信息，并依法纳税，避免违法行为。如果货物价值超过5000元，可能需要缴纳较高的关税，建议咨询专业的清关代理以获取具体指导。