农村房子超面积的处理方法通常有以下几种：
宅基地超占部分的处理
在土地登记簿和土地权利证书记事栏内标明超出的面积。
在分户建房、房屋拆迁翻建或重新建设时，村民让出超占面积，进行确权登记。
宅田相抵政策
使用耕地补偿宅基地多占部分，维持总量不变。
缴费补偿
经村集体同意并得到上级部门批准，保留宅基地使用权，需缴纳一定的费用。
村民自治协商原则
村集体商定处理方案，提交上级部门审批。
超占面积的处理
超出部分可能需返还给农村集体组织或进行复垦。
不愿接受处罚的，收回超占宅基地。
接受处罚的，继续付费使用其超占、多占的宅基地。
法律依据
《农村宅基地管理办法》规定了宅基地面积标准。
《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规提供了处理依据。
其他处理方式
对于轻微超面积，可能要求限期改正，并缴纳罚款。
若超面积情况严重，可能会面临拆除超出部分的处罚。
超出面积的部分无法获得产权证及土地使用权证。
处理农村房子超面积问题时，应考虑超建的原因、房屋的用途及对规划的影响等因素，并遵循当地土地管理法规和政策。