处理回扣问题通常需要遵循以下步骤和原则：
立即停止违规行为
一旦发现员工存在拿回扣等违规行为，应立即停止该行为，并要求其立即归还相关款项。
进行内部调查
企业应对员工的违规行为进行内部调查，查明实际情况，并对员工的责任和违规行为进行认定和处理。
采取相应的制度和措施
企业应建立健全的内部制度和管理措施，防范员工违规行为的发生，加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和职业道德素质。
依法追究责任
如果员工的违规行为构成犯罪，应及时向公安机关报案，依法追究其刑事责任；
如果构成违法行为，应依法进行行政处罚或者民事索赔等处理。
会计处理
符合规定的回扣可以正常入账，但必须要有内部销售政策、合同以及相关的有效凭证（如发票、收据等）作为入账支撑；
入账科目可以根据业务性质，计入“销售费用”、“管理费用”等。
法律依据
根据《中华人民共和国刑法》第三百八十三条、第三百八十五条、第三百八十六条等相关法律条文，对收受回扣的行为进行惩处。
商业贿赂行为的处理
根据《国家工商行政管理局关于禁止商业贿赂行为的暂行规定》，在帐外暗中给予对方单位或个人回扣的，以行贿论处；对方单位或个人在帐外暗中收受回扣的，以受贿论处。
回扣的分类
回扣可分为暗扣和明扣，暗扣属于贿赂支出，不得税前列支；明扣若以明示方式且取得合法有效凭证，则可能可以进行税务处理。
请根据具体情况采取适当的措施，并考虑咨询专业律师或法律顾问以获得更具体的指导