工程缴税的方式如下：
增值税
一般纳税人：增值税征收率为3%，按月度申报，销项税额减去进项税额的差额即为应纳增值税。
小规模纳税人：若月销售额未超过10万元，则无需预缴税款；超过10万元的，适用3%预征率预缴增值税，减按1%预征率预缴增值税。
预缴税款：一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，按2%的预征率计算应预缴税款；选择简易计税方法计税的，按3%的征收率计算应预缴税款。
城市维护建设税
税率根据工程所在地的城乡类型不同分别确定，市区为7%，乡镇为5%，其他为1%。
教育费附加
按实际缴纳的增值税和消费税的3%缴纳。
地方教育费附加
按实际缴纳的增值税和消费税的2%缴纳。
印花税
按建筑安装工程承包合同金额的0.3%计算缴纳。
个人所得税
工程承包人自行到税务开工程劳务费发票，缴纳个人所得税，税率1%-2%。
总承包企业和分承包企业派驻跨省异地工程项目的管理人员、技术人员和其他工作人员在异地工作期间的工资、薪金所得个人所得税，由总承包企业、分承包企业依法代扣代缴并向工程作业所在地税务机关申报缴纳。
企业所得税
按季度预交申报，年底汇算清缴，税率为25%。
小微企业年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，并按20%的税率缴纳企业所得税。
建议
一般纳税人和 小规模纳税人需分别关注其适用的税率和预缴税款的规定。
跨地区经营的工程企业需特别注意异地预缴税款和申报纳税的要求。
个人所得税需由工程承包人自行申报缴纳，企业也有代扣代缴的责任。
企业所得税需按季度预交并在年底进行汇算清缴。
这些税种和税率适用于不同类型的工程企业和个人，需根据实际情况进行申报和缴税。建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取更详细的指导和帮助。