公司扣税通常遵循以下步骤：
确定税务登记
公司需根据所在地的税务要求完成税务登记，获得纳税人识别号或税务登记证明。
计算应纳税额
公司需统计各项收入，包括销售收入、投资收益、租金收入等，并结合成本和费用计算应纳税所得额。
对于员工工资，使用公式计算个人所得税：`应纳税额 = （工资薪金所得 - 五险一金 - 个税起征点） × 适用税率 - 速算扣除数`。
申报纳税
公司需按规定时间提交纳税申报表，包括增值税、所得税等。
国税和地税的申报时间及流程可能有所不同，需根据当地规定执行。
缴纳税款
公司可通过银行转账、网上银行等方式向国家税务部门缴纳企业所得税。
工资薪金所得的个人所得税通常由公司代扣代缴，并定期向当地地税局申报缴纳。
其他税费
公司可能还需缴纳增值税、消费税、印花税、城建税、教育费附加、地方教育费附加等。
财务报表
公司需定期提交财务报表，以支持税务申报。
请注意，税法规定和税率可能随时间和政策更新而变化，因此公司应时刻关注相关法规的变动，并咨询专业税务顾问或当地税务机关以获得最新信息