当企业发现发票多开时，应当采取以下步骤进行账务处理：
检查发票
确认发票是否有多开的情况。
核对发票报税号是否正确。
报税号差错处理
如报税号有差错，应先申请发票补开。
发票验证
在财务系统中验证发票是否已被正式开具。
核销标记
将多开的发票归类，并标记核销。
报税号更新
更新多开发票的报税号，并进行报税。
记录来源
记录多开发票的来源，以备审核时使用。
账务处理
支付方：在借方登记多开发票金额，贷方登记实际付款金额。
收款方：在借方登记实际收款金额，贷方登记多开发票金额。
红冲处理
如果后期会开具红字发票，先按发票金额入账。
收到红字发票时，做相反分录冲销。
作废与重开
如果发票未跨月，可以作废并重新开具正确金额的发票。
如果跨月，通常需要开具红字发票冲销原发票，再重新开具。
核对账目
与对方核对往来账目，确保账务一致。
开具发票注意事项
在开具发票前，做好双方对账工作。
确保发票金额和台账金额一致。
入账方式
可以选择逐条入账、批量入账或清单导入入账。
请根据具体情况选择合适的处理方式，并遵循税务机关的规定和操作流程。