工程预付款的支付流程通常遵循以下步骤：
1. 施工单位向预算办提交预付款《工程款支付申请表》，并由施工单位项目经理签字确认。
2. 预算办工作人员根据合同约定的预付比例审核预付款，并签署预付款《工程款支付申请表》后，将其交给财务部。
3. 财务部对预付款申请进行复核，之后将其交给总经理和董事长进行审批。
4. 审批通过后，财务部将《工程款支付申请表》交给出纳，由出纳安排付款。
此外，预付款的支付时间和方式通常在合同中约定，例如合同签订后的一定时间内支付一定比例的预付款，承包人需提供预付款保函。
请注意，这个流程可能会根据具体的项目和合同条款有所不同。