物流公司需要缴纳的税种主要包括：
增值税
陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务，一般纳税人税率为11%，小规模纳税人税率为3%。
仓储、配送及货运代理等物流辅助服务，一般纳税人税率为6%，小规模纳税人税率为3%。
营业税 （如适用）：
物流企业一般按月报送营业税，税率为3%。
城市维护建设税
税率根据地区不同，市区为7%，县、镇为5%，其他地区为1%。
教育费附加和地方教育费附加
教育费附加为3%，地方教育费附加为2%。
印花税
根据营业收入金额计算，如果提供发票则按发票金额缴纳。
个人所得税
对于独资或合伙企业，需按实际应税所得和适用税率计算缴纳个人所得税。
对于公司制企业，需按实际应税所得计算缴纳企业所得税。
企业所得税
基本税率为25%，对符合条件的小型微利企业、国家重点扶持的高新技术企业等可能有不同的优惠税率。
物流公司通常需要按月或按季度向税务部门报送税务申报表，并缴纳相应的税款。对于网上申报，企业可以登录当地税务系统的电子税务局进行操作。
请注意，税法规定可能会有更新，具体的税率和计算方法请以最新的官方发布信息为准。