紫外线杀菌的原理主要是通过破坏微生物的DNA（脱氧核糖核酸）和RNA（核糖核酸）结构，从而抑制其复制和繁殖能力，最终达到杀菌的目的。紫外线照射到微生物时，其能量会被DNA和RNA吸收，导致核酸分子结构发生变化，如形成胸腺嘧啶二聚体（TT）和尿嘧啶二聚体（UU），从而使DNA和RNA失去复制能力，微生物因此死亡或丧失繁殖能力。
紫外线对蛋白质的变性作用也会破坏蛋白质结构，使蛋白质失去原有的生物活性，从而无法维持微生物的正常生理功能。此外，紫外线还可以降低微生物菌体内氧化酶的活性，进一步加速微生物的死亡。
紫外线杀菌具有无色无味无化学物质遗留的优点，已经在水处理领域越来越多的代替传统的氯，漂白粉杀菌技术。紫外线杀菌器杀菌原理是利用紫外线灯管辐照强度，即紫外线杀菌灯所发出之辐照强度，与被照消毒物的距离成反比。当辐照强度一定时，被照消毒物停留时间愈久，离杀菌灯管愈近，其杀菌效果愈好，反之愈差。
综上所述，紫外线杀菌的原理主要是通过破坏微生物的核酸结构和使蛋白质变性来达到杀菌的目的。