养殖杂草的清理方法有多种，以下是一些常用的方法：
手工拔草
对于小面积的杂草，手工拔除是一种简单有效的方法。这种方法虽然耗力多、工效低，但对于近距离的交互携带传播无效，须辅以作物种子净选去杂、农具和沟渠清理以及施用腐熟粪肥等措施，以减少田间杂草发生的基数。
机械除草
使用畜力或机械动力牵引的除草机具，一般于作物播种前、播后苗前或苗期进行机械中耕耖耙与覆土，以控制农田杂草的发生与危害。机械除草工效高、劳动强度低，但难以清除苗间杂草，不适于间套作或密植条件，频繁使用还可引起耕层土壤板结。
化学除草
使用除草剂除去杂草而不伤害作物。化学除草具有高效、及时、省工、经济等特点，适应现代农业生产作业。但大量使用化学物质对生态环境可导致长远的不利影响，因此要求除草剂的品种和剂型向低剂量、低残留的方向发展，同时力求与其他措施有机地配合，进行综合防除。
生物除草
利用昆虫、禽畜、病原微生物和竞争力强的置换植物及其代谢产物防除杂草。这种方法不产生环境污染、成效稳定持久，但对环境条件要求严格，研究难度较大，见效慢。
物理除草
利用水、光、热等物理因子除草。例如，用火燎法进行垦荒除草，用水淹法防除旱生杂草，用深色塑料薄膜覆盖土表遮光以提高温度除草等。
生态除草
采用农业或其他措施，在较大面积范围内创造一个有利于作物生长而不利于杂草繁生的生态环境。例如，实行水旱轮作制度，对许多不耐水淹或不耐干旱的杂草都有良好的控制作用。合理密植与间作、套种，可充分利用光能和空间结构，促进作物群体生长优势，从而控制杂草发生数量与为害程度。
综合防除
因地制宜地综合运用各种措施的互补与协调作用，达到高效而稳定的防除目的。例如，以化学防除措施控制作物前期的杂草，结合栽培管理促成作物生长优势，可抑制作物生育中、后期发生的杂草；在茶、桑、果园及橡胶园中，用输导型除草剂防除多年生杂草，结合种植绿肥覆盖地表可抑制杂草继续发生等。
建议根据具体的养殖环境和杂草种类，选择最适合的除草方法，以达到最佳的除草效果。