蛋白质谱技术是一种 利用质谱仪分析蛋白质的技术。它的基本原理是蛋白质经过蛋白酶的酶切消化后成肽段混合物，在质谱仪中肽段混合物电离形成带电离子，质谱分析器的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值（即质荷比，M/Z）的肽段离子分离开来，经过检测器收集分离的离子，确定每个离子的M/Z值。通过质量分析器可分析出每个肽段的M/Z，得到蛋白质所有肽段的M/Z图谱，即蛋白质的一级质谱峰图。离子选择装置自动选取强度较大肽段离子进行二级质谱分析，输出选取肽段的二级质谱峰图，通过与理论上蛋白质经过胰蛋白酶消化后产生的一级质谱峰图和二级质谱峰图进行比对而鉴定蛋白质。
蛋白质谱技术包括质谱图谱、蛋白质组学和蛋白质定量等不同的分析方法，可以揭示蛋白质的组成、性质、结构和功能等信息。这种技术具有高灵敏度和高精准度，能够准确快速地鉴定蛋白质，广泛应用于生物学、医学和生物工程等研究领域。