办理日本签证的费用因签证类型和申请方式的不同而有所差异。以下是一些常见签证类型的费用情况：
短期滞在签证（如旅游、探亲访友等）：
费用约为人民币350元。
商务签证：
费用约为人民币350元。
留学签证：
费用约为人民币460元。
工作签证：
费用根据工作性质而定，一般为人民币约580元。
单次入境签证：
费用为人民币200元，不含代办费。
多次入境签证：
费用为人民币400元，不含代办费。
过境签证：
费用为人民币45元，不含代办费。
此外，根据使领馆的规定，还需要支付一定的手续费，一般为200元。如果通过代办机构办理签证，还需要支付额外的代办费，具体费用请咨询各代办机构。
建议您根据具体签证类型和需求，提前了解并确认所有相关费用，以确保顺利办理签证。