设施养殖补贴的申请流程如下：
提交申请材料
农户需持证明材料向区县农业局申请，并按要求填写养殖补助申报表。
初审与报送
区县农业局对农户提交的申报材料进行初审，经审核后，送同级财政部门审查签章，再报送市农业局。
汇总复审与拨付
市农业局对各区县申报的材料进行汇总复审，送市财政局审查后，由市财政局拨付到农户指定的账户。
需要准备的证明材料
养殖备案登记：养殖户需要向当地的农业行政部门申请备案，提供个人姓名、住址、养殖场修建的地位、规模、养殖畜类的种类等信息。
动物防疫合格证：养殖户要向当地政府和兽医管理部门提出申请，提供动物豢养的地址、隔离措施、无害化处置措施以及养殖场的布局、选址、设备设备等防疫条件。
养殖档案：依法建立养殖档案，包括畜禽品种、数量、种苗来源和进出栏记录、饲料药物名称、类型等。
申请时间
养殖备案登记、动物防疫合格证和养殖档案的办理时间通常在15-20个工作日内完成。
建议
及时获取项目申报通知：多浏览国家部委及养殖者所在省、市的官方网站，及时获取项目申报通知。
筛选适宜项目：选择适合自己的项目进行申报，确保项目切实可行。
写好项目申请报告：根据自身情况编写项目申请报告，突出项目的可行性和效益。
按时呈报给相关部门：按照项目通知要求，准时呈报给对口的部门。
做好政府关系：及时沟通、规范运作，确保项目资金能够顺利获得。
通过以上步骤和建议，养殖户可以更顺利地申请到设施养殖补贴。