水产养殖亲本的区分主要依据以下几种方法：
鱼龄与体重
不同鱼类成熟年龄不同，如鲤鱼2年，鲢鱼3年，草鱼5~6年等。通常雄鱼比雌鱼性成熟期提早1年。
雌鱼第一次性成熟的体重通常比雄鱼大，例如：鲤鱼1公斤，白鲢4~6公斤，草鱼6~7公斤等。
性比
亲鱼雌雄搭配的性比以1:1或1:1.5为宜，具体比例根据种苗数量确定。
定性鉴别
副性征：通过观察鱼类的副性征来判断雌雄，如草鱼雄鱼胸鳍有追星，雌鱼无追星；雄鲤（鲫）鱼胸腹部鳍条、鳃盖上有追星，雌鱼则相反。
外形特征：有些鱼类雄鱼体型瘦长，背鳍与尾鳍较大，体斑颜色较深；雌鱼体型较厚，腹部较大，生殖孔较大而圆。
体质
选择的亲鱼应具有该品种的典型特征特性、亲缘关系较远，且体形健壮、肥满、色艳、无伤、无病虫害、生命力旺盛。
种系
中国淡水鱼类大体有长江、珠江和黑龙江三个水域种系，不同水系种群之间存在明显的生化遗传差异，选择时应考虑种系。
生殖季节
有些鱼类在生殖季节有明显的性征变化，如青虾雄虾第二步足基部间距狭窄，雌虾则无此特征。
生殖器官
部分鱼类生殖器官的位置和形态不同，如小龙虾雄性第一、第二腹足演变成白色的钙质管状交接器，雌性则无此结构。
其他特征
有些鱼类在非生殖季节可通过触摸腹部软硬来区分雌雄，如乌鳢雄鱼腹部较硬，雌鱼较软。
通过上述方法，可以较为准确地鉴别水产养殖亲本的雌雄，从而提高繁殖成功率和后代质量。