处理养殖无证厂房的方法如下：
责令停止违法行为 ：无证养殖场首先会被责令停止违法行为，并没收违法所得。拆除违法建筑：
如果养殖厂被认定为违法建筑，相关行政机关有权依法作出强制拆除的决定。
处罚与赔偿
合法建筑：
如果养殖厂是经过合法程序建造的，只是未办理相关证件，则有补偿。补偿标准和方式需参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》等相关法律法规，确保被征收人的合法权益得到保障。
违法建筑：对于违法建筑，通常不予补偿。但如果养殖厂属于合法建筑且当事人能证明其所有权，可以要求合理补偿。
追究刑事责任：
若无证经营行为触犯了刑律，如非法经营罪，将依法追究刑事责任。
行政责任：
在法律、行政法规对无照经营处罚没有明确规定的情况下，工商行政管理部门可处以1万元以下的罚款。
协商解决：
如果养殖厂没有办证且存在争议，可以考虑通过协商解决，以达成双方都能接受的补偿方案。
建议：
合法化：如果条件允许，应尽快补办相关证件，确保养殖场的合法经营。
证据保留：无论养殖厂是否合法，当事人都应尽量保留相关证据，以备在补偿或法律诉讼中使用。
法律咨询：在处理过程中，建议咨询专业律师，获取更具体的法律意见和帮助。