在农村地区建设养殖猪圈需要遵循一定的流程和手续，以下是一个详细的申请步骤：
土地使用手续
国有土地：需要向国土部门申请土地使用证。
村集体土地：需要向当地村委会申请土地使用权。
环境影响评价（环评手续）
需要找到具有环评资质的第三方机构进行评价。
评价合格后，需要向环保部门申请环评批文。
建设规划手续
需要向规划部门申请建设规划许可证。这是养猪场建设的基础，没有建设规划许可证，其他的手续都无法进行。
建设用地规划手续
需要向国土部门进行用地规划。这包括根据用地的性质、用途、规模、位置等因素，确定用地的范围和用途，并且在规划中注明建筑面积、绿地率、容积率等标准。
村级证明和土管局审批
先向村委递交申请，由村委上报镇政府。
镇政府会组织国土、环保、水利、林业、畜牧等相关单位进行现场勘查，符合养殖条件后，报镇政府研究进行备案。如不符合条件，会告知当事人不符合的原因，另行选址。
办理养殖备案手续
需要先经村镇同意后，到畜牧部门办理养殖备案手续。
现场测量和土地复耕协议
国土所进行现场测量，出具地类、规划等证明，签订土地复耕协议，并报国土局审查备案。
办理其他相关证件
动物防疫条件合格证：持单位法人身份证及相关行业营业执照到当地动物检疫检验局办理。
税务登记证：持《营业执照》及《财务制度》到税务局办理。
排污许可证：根据实际情况办理。
政府补贴申请
向当地农业行政部门养殖备案登记，向当地政府和兽医管理部门申请动物防疫合格证。准备申请书、养殖业务计划书、资金需求预算、场地选址和规划、环保措施等相关资料，政府进行审核和评估，符合补贴政策要求的，批准申请并签订合同，明确补贴金额、使用要求、履行条件。
提交申请资料
计划新建或扩建的猪场需要向区畜牧水产服务中心提交申请书（加盖当地镇街公章）、土地租赁合同、设施农用地备案材料、场区地理位置图及建设规划平面图。项目领导小组实地考察后确定候选资格，建设内容需于规定时间内完成，符合相关标准后享受奖励。
以上步骤仅供参考，具体流程和所需材料可能因各地要求而有所不同，建议提前咨询当地相关部门获取详细信息。