内蒙古自治区境内共有近千个大小湖泊，其中较为著名的包括：
呼伦湖 （又名达赉湖）：位于内蒙古自治区呼伦贝尔市扎赉诺尔区草原西部，是内蒙古第一大湖、东北地区第一大湖、中国第四大淡水湖。
贝尔湖：
位于中蒙边界，显著标记着中蒙两国的边界，成为两国间最大的湖泊。湖泊自然呈现一种不整齐的椭圆状，覆盖总面积接近608.78平方公里。
达里诺尔湖：
位于内蒙古自治区克什克腾旗境内，是一个内陆湖泊。
乌梁素海：
位于内蒙古乌拉特前旗境内，水域面积达300平方公里，是全国八大淡水湖之一。
岱海：
位于内蒙古自治区凉城县境内，是一个内陆湖泊。
居延海：
位于内蒙古自治区额济纳旗境内，是一个内陆湖泊。
天鹅湖：
位于内蒙古自治区阿拉善左旗境内，是阿拉善沙漠世界地质公园—腾格里园区的重要组成部分。
这些湖泊各具特色，不仅拥有丰富的水资源，还是多种动植物的栖息地和繁殖地，具有重要的生态价值和旅游价值。