三本大学自主退档的步骤如下：
提交书面申请：
考生需要向已经录取自己的学校提交书面退档申请，说明退档的正当理由，并由家长签字确认。只有提交了申请的学生才能办理退档手续。
联系招生办：
考生需要联系所在省市的招生办公室，确认退档的具体流程和规定。因为不同省份可能有不同的规定，所以务必先了解清楚当地的政策。
等待学校处理：
学校在收到退档申请并确认无误后，会进行退档操作。退档成功后，考生的档案会退回至省级招生办公室。
确认退档成功：
退档手续全部完成后，考生需要确认退档是否成功。可以通过与学校或招生办联系，确认退档信息是否已经更新。
需要注意的是，以下情况可能会影响退档：
退档时间：主动退档的时间窗口通常很短，通常在高校投档后、录取前。在这个时间段内联系学校办理退档成功率较高。
退档次数：每个考生只有一次退档机会。如果已经退档，则无法再参加后续的批次录取。
征集志愿：如果考生被三本批次退档且没有填写三本征求志愿，那么只能等待下一批次的录取。
建议：
尽早联系：一旦决定退档，应尽早联系学校和相关招生部门，确保退档手续能够顺利进行。
了解政策：提前了解所在省份的退档政策和规定，避免因不了解政策而产生麻烦。
确认信息：在退档后，务必确认所有相关手续已经办理完毕，档案已经退回，以免影响后续录取。