湖南三本大学之所以没有合并，主要原因包括：
三本院校与一本院校存在依赖关系：
有些三本院校与一本院校有靠山关系，三本录取分数线比民办二本低，学费也略低。如果二三本合并，民办二本将无法生存。此外，教育组织中的高层有很多民办二本的校长，他们表示如果不把三本后面的靠山拔掉，二三本是无法合并的。
合并后可能导致资源分配问题：
三本院校如果合并到二本院校，可能会导致优质师资和资源被挪走，从而影响三本院校的发展。没有优质师资，学生可能不愿意选择这些学校，进一步影响学校的声誉和吸引力。
不符合国家高等教育分类发展要求：
根据《中国教育现代化2035》和教育部的相关规定，高等教育应科学定位、特色发展，避免盲目追求规模扩张和综合性发展。因此，将湖南大学、湖南中医药大学、湖南第一师范学院合并并不符合当前国家关于高等教育分类发展的要求。
地方政府的考虑：
湖南省政府可能认为，合并三本院校可能会对现有的高等教育体系造成冲击，影响教育质量和特色发展，因此暂时没有考虑进行合并。
综上所述，湖南三本大学没有合并的原因主要是由于三本院校与一本院校之间的依赖关系、合并后可能导致资源分配问题、不符合国家高等教育分类发展要求以及地方政府的考虑。