华中科技大学曾经有三本院校，但具体情况有所变化。以下是一些具体信息：
华中科技大学武昌分校和 华中科技大学文华学院均属于三本院校。
华中科技大学武昌分校是全国第一的独立学院，从2009年开始在二本档招生，因此一二三本都有。
3. 2008年左右，华中科技大学曾因三本院校的改制问题引发较大争议，最终决定下属的民办三本院校要么母校回收，统一发母校的毕业证，要么直接脱离母校，独立发自己的毕业证。
华中科技大学文华学院是华科本部近两年在优势专业中成立的实验班组成的实验学院，地位较高。
综上所述， 华中科技大学曾经有三本院校，但目前情况可能有所变化。建议查阅最新的教育政策或官方信息以获取最准确的答案。