三本大学改革的主要原因包括：
合并录取批次：
为了消除高校之间的等级划分，促进高校之间的平等竞争，许多省份已经取消了三本批次，将其与二本批次合并。这一举措有助于扩大高校的办学自主权和考生的选择权，使高校能够更广泛地招收合适的学生，实现因材施教，促进特色化办学。
提高生源质量：
取消三本批次后，实行多个平行志愿填报，使得高考分数较高的学生可以有机会被二本和三本院校录取，从而提高了三本院校的生源质量。
促进教育公平：
分批次录取人为地制造了高校之间的等级，不利于高校平等竞争。取消三本批次有助于打破这种层级划分，使得不同层次的高校能够在同一平台上公平竞争，给低层次高校或专业提供上升的空间。
满足考生个性化选择的需求：
随着教育理念的更新，考生和家长对于教育选择的需求也在不断变化。合并录取批次可以提供更广泛的志愿选择，满足考生的个性化需求。
技术和管理层面的改进：
在当前的计算机大数据时代，分批次录取的技术手段已经显得过时。合并批次可以简化录取流程，提高录取效率。
综上所述，三本大学的改革主要是为了消除高校之间的等级划分，促进教育公平和个性化选择，同时利用现代技术手段提高录取效率和管理水平。