一本大学里存在三本的情况主要是由以下几个原因造成的：
院校合并：
有些一本大学通过合并原来的专科学院，使得原本的专科学院升级为本科专业，从而产生了二本。同时，合并后的专科学院实力增强，也开始开办本科专业，进而出现了三本。
独立学院：
有些一本大学设立了独立学院，这些独立学院虽然挂着大学的名字，但实际上与主校并无直接关联，它们独立招生，因此被视为三本。
新设立专业或校区：
有些大学为了响应国家或省的号召，会新设立一些冷门专业或只对本省招生的专业。这些专业的师资力量较弱，就业情况一般，因此只能放在二本批次招生。另外，一些大学的分校区由于软硬件设施不如主校区，也只能二本或三本招生。
政策调整：
有些省份已经将一本、二本、三本合并，统称为本科批，不再区分不同批次的录取。
需要注意的是，虽然一本大学里存在三本，但这并不意味着一本和三本在学历上有本质区别。一本和三本只是录取批次的不同，毕业后颁发的毕业证书是一样的。在选择专业等方面，一本专业和二本专业通常是分开招生的，但三本独立学院在招生和运营上通常更加企业化。
总的来说，一本大学里存在三本主要是由于院校合并、独立学院设立、新设立专业或校区以及政策调整等原因。虽然存在这些差异，但一本和三本在学历上并没有高低之分。