民办大学颁发的本科证书主要有两种：
学历文凭考试的毕业证书
由北京市自学考试委员会和学生所就读的院校联合盖章颁发的毕业证书。
自学考试的毕业证书
由北京市自学考试委员会和主考院校颁发的毕业证书。
这两种毕业证书均属于国家承认的学历文凭，可以在网上查询，并且具有法律效力。尽管民办高校的毕业证书和学位证书与公办大学毕业生所获得的毕业证书和学位证书在法律效力上是相同的，但在社会认可度和一些具体应用方面可能存在差异。例如，报考研究生和公务员考试可能会受到一定的限制，但在求职、就业、单位的定岗、晋级、职称评定、各类资格考试等方面均可以通用，属于同等学历。
此外，需要注意的是，只有国家教育部批准的本科院校，并且是国家计划内招生的院校，其颁发的毕业证书才由国家教育部监制并承认。而一些民办学校可能通过计划外招生，这类学生的毕业证书可能存在问题，需要谨慎对待。
综上所述，民办大学颁发的本科证书是国家承认的学历文凭，具有法律效力，但在具体应用和社会认可度方面与公办大学存在一定差异。建议学生在选择民办大学时，要确保其具有国家教育部的批准和计划内招生资格，以保障自己的权益。