重庆最好的三所二本大学分别是：
重庆医科大学
重庆医科大学（Cho ngQing Medical University），简称“重医”，是一所具有较高声誉的医药类高校。它入选了“中西部高校基础能力建设工程”、“卓越医生教育培养计划”、“国家建设高水平大学公派研究生项目”、“国家‘特色重点学科项目’建设高校”等多个重要项目。
重庆师范大学
重庆师范大学（Chongqing Normal University），简称“重师”，是一所多学科协调发展的多科性高等学府，以文理为主。学校拥有丰富的教学资源和师资力量，是重庆市一流学科建设高校。
重庆理工大学
重庆理工大学（Chongqing University of Technology），简称“重理工”，是一所中央与地方共建的市属普通本科高等院校。它以工科为主，入选了“国家级大学生创新创业训练计划”、“全国毕业生就业典型经验高校”、“国家首批‘卓越工程师教育培养计划2.0’”、“新工科研究与实践项目”等多个项目。
这些大学在教学、科研和人才培养等方面都有较高的水平，是重庆市乃至全国较为知名的二本高校。建议考生在选择学校时，可以根据自己的兴趣和专业需求，综合考虑学校的学科优势、师资力量和就业情况。