三本大学的系主任级别主要取决于所属学校的类型和级别。以下是几种可能的级别：
正科级
一般情况下，三本大学的系主任属于正科级级别。
系主任主要负责本系的教学、科研及行政管理工作。
副处级
如果三本大学是省属本科院校二级学院下属的院校，系主任的级别可能是副处级。
其他级别
在一些情况下，如教育部或其他部委直属大学的中外合作学院，系主任的级别可能是副厅级。
综合以上信息，可以得出结论：三本大学的系主任级别主要是正科级，但在某些特定情况下（如省属本科院校二级学院下属的院校）可能是副处级，而在中外合作学院中可能是副厅级。建议根据具体学校的类型和实际情况来确定系主任的级别。