三本大学的毕业证书是国家 承认的。三本大学是指中国本科层次录取批次和录取顺序排在第三位置的高校，其招生方式是根据参加全国统一高考录取的。三本是“普通高等学校”教育系列，学制为四年，毕业证书和学位证书都属于“普通高等学校”教育证书。
尽管有些单位可能会在就业时对三本院校的学生存在一些歧视，但从国家层面来看，三本的毕业证书和学位证书都是国家认可的，具有同等的法律效力。在就业市场上，三本的毕业生也享有与其他本科毕业生相同的权利和资格。
此外，三本高校的毕业生在报考研究生时，其学士学位证书也是被认可的，可以作为其学历证明。同时，三本的毕业证书在电子注册、学籍管理等方面也都是符合国家规定的。
综上所述，三本大学的毕业证书是国家承认的，具有法律效力，毕业生可以持此证书进行就业、升学等。建议三本院校的学生在就业过程中积极展示自己的毕业证书和学位证书，以获得更多机会和认可。