民办大学的毕业证书可以用于考研，但有一些限制和注意事项：
报考全日制研究生：
使用民办大学的本科毕业证书不能报考全日制研究生，因为全日制研究生报考条件明确规定只允许全日制国民教育系列才能报考。
报考在职研究生：
民办大学的本科毕业证书可以用于报考在职研究生，例如各种商学院的MBA和EMBA。
国家承认的学历：
民办大学的学历是国家承认的非国民教育系列，虽然与公办院校的全日制国民教育系列毕业证书有一定差距，但在求职、就业、单位的定岗、晋级、职称评定、各类资格考试等方面均可以通用，属于同等学历。
报考条件：
报考研究生需要符合一定的学历等条件，如国家承认学历的应届本科毕业生、具有国家承认的大学本科毕业学历的人员、获得国家承认的高职高专毕业学历后满2年或2年以上达到与大学本科毕业生同等学力的人员等。
其他要求：
在校研究生报考须在报名前征得所在培养单位同意，国家承认学历的本科结业生按本科毕业生同等学力身份报考。
综上所述，民办大学的毕业证书可以用于考研，但只能报考在职研究生，不能报考全日制研究生。此外，报考时需要符合相关的学历和条件要求。建议你在选择考研时，仔细阅读相关招生简章和条件，确保自己符合报考条件。