二本大学自考和三本大学在多个方面存在明显差异：
生源不同
二本三本：是通过高考考进二本或三本学校的本科生，生源相对单一，主要是高中生。
自考本科：生源广泛，包括在职员工、社会公民等，不受高考限制。
录取批次不同
二本三本：高校录取分为多个批次，二本和三本属于不同的录取批次。
自考本科：没有录取批次，考生可根据个人意愿报考学校。
毕业条件不同
二本三本：学生修完所有课程并考试合格即可毕业，获得全日制普通高等教育毕业证书和学位证书。
自考本科：需要获得国家承认的大专学历才能申请毕业，毕业证书上需要盖主考院校和当地自考教育局的章，属于第二学历。
文凭认可度
二本三本：毕业证书上显示全日制普通高等教育，属于第一学历，社会认可度较高。
自考本科：虽然国家承认其学历，但社会认可度相对较低，通常需要额外说明。
学费
二本三本：学费通常较高，尤其是民办三本院校。
自考本科：学费较低，尤其是大自考形式，基本只需支付考试费用。
学习方式
二本三本：学生需要全日制在校学习，有老师指导。
自考本科：学生完全自学，没有集体氛围，学习方式自主性较强。
建议
选择自考本科：如果个人学习能力强，希望节省学费且时间灵活，自考本科是一个选择。但需要注意的是，自考本科的社会认可度相对较低，可能需要额外的努力来证明自己的实力。
选择三本：如果希望在正规高校接受全日制教育，获得更高的社会认可度，三本是一个选择。但三本院校的学费较高，且社会对三本的界定可能较为不利。
综合考虑，选择哪种教育形式还需根据个人的学习方式、经济条件及职业规划来决定。