南京和上海作为中国的重要教育城市，各自拥有一系列的二本大学。以下是一些比较：
上海
上海对外贸易学院：虽然实力一般，但就业前景好，是财经类院校中的热门选择。
上海海事大学：实力较强，部分专业热门，备受考生追捧。
上海理工大学：在二本中实力突出，制冷专业全国领先，但不够热门。
上海中医药大学：中医药领域的强校，但面临合并的可能性。
上海电力学院：虽然实力一般，但凭借电力专业吸引大量考生。
南京
南京大学：综合实力雄厚，尤其在人文社科领域表现突出。
东南大学：以工科见长，尤其在建筑、土木工程等领域有很高的学术地位。
南京理工大学：在工科领域有较高声誉，尤其是兵器科学与技术。
南京航空航天大学：在航空、航天、导航控制等领域有显著优势。
南京信息工程大学：在大气科学、环境科学等领域具有较高影响力。
建议
上海：如果你对财经、物流、海事等领域感兴趣，上海对外贸易学院、上海海事大学和上海理工大学是不错的选择。
南京：如果你对人文社科、工程等领域有浓厚兴趣，南京大学和东南大学是理想的选择。如果你对航空、航天等领域感兴趣，南京航空航天大学则更为合适。
选择大学时，建议结合个人兴趣、职业规划以及学校的学科优势来做出决定。