清华大学并不不如二本大学。清华大学是一所国内顶级大学，属于985和211工程，拥有世界排名靠前的科研水平和一流的师资力量。每年考入清华大学的学生都是学霸级学生，其整体实力远超一般的二本大学。
尽管清华大学在某些学科上可能存在不足，例如交通运输工程在全国参评的52所大学中排名倒数第一，但这并不代表清华大学整体不如二本大学。实际上，清华大学在多个学科上具有极高的学术水平和研究实力，其整体实力仍然在国内高校中名列前茅。
此外，教育部门并没有明确划分清华大学是一本还是二本，这种分类主要是民间的一种说法。根据公开信息，清华大学通常被认为是第一批次招生的高校，因此更常被认定为一本大学。
综上所述，从整体实力和学术水平来看，清华大学明显优于一般的二本大学。