独立学院与一般大学的学院（通常指二级学院）存在以下主要区别：
范围不同
独立学院是学院的一种，通常指普通高等学校与国家机构以外的社会组织或个人合作举办的实施本科学历教育的高等学校。
大学的二级学院一般是大学内部的组成部分，与系相同级别，负责教学管理但不负责招生。
独立性不同
独立学院具有独立的法人资格，拥有独立的校园和基本办学设施，实施独立的教学组织和管理，独立进行招生和颁发学历证书，能独立承担民事责任。
大学的二级学院通常依附于大学，不拥有完全独立的法人资格和校园设施。
性质不同
独立学院是民办学院，利用非国家财政性经费举办，学费相对较高。
大学的二级学院如果是校属的，则通常得到国家财政的支持，学费相对便宜。
办学方不同
独立学院是由普通高等学校与社会力量合作举办的。
大学的二级学院通常由大学自身举办。
招生和毕业证书
独立学院独立进行招生，毕业生将获得独立学院颁发的毕业证书和学士学位证书。
大学的二级学院通常不负责招生，其学生通过大学统一招生入学。
管理和监督
独立学院的管理制度和办法由申请者和合作者共同商定。
大学的二级学院的管理通常由大学总部负责。
需要注意的是，独立学院在特定情况下有时也被称为“独立二级学院”，它与公办大学内部各下属的二级学院有区别。随着教育政策的调整，一些独立学院可能会转设或并入母体大学，或者独立成为民办高校