日本排名最高的大学是东京大学，它在多个排名系统中均位居首位。根据最近的信息，东京大学在日本国内的排名情况如下：
东京大学：
在日本国内的排名中位列第一，在世界大学排名中也表现突出，总排名第39名（根据2023年的数据）。
京都大学：
紧随东京大学之后，位列日本第二。
东北大学：
在日本国内的排名中位列第三。
大阪大学 、 名古屋大学、 东京工业大学、 北海道大学、 九州大学：
这些大学也位于日本大学排名的前列。
以上信息基于最近的数据更新，排名可能会随着时间和不同评价体系的变动而有所变化。如果您需要最新的排名信息，请参考官方发布的最新排名数据