2016年软件工程专业的大学排名如下：
1. 清华大学
2. 南京大学
3. 北京航空航天大学
4. 上海交通大学
5. 哈尔滨工业大学
6. 武汉大学
7. 复旦大学
8. 吉林大学
9. 浙江大学
10. 重庆大学
11. 北京理工大学
12. 北京交通大学
13. 东南大学
14. 华中科技大学
15. 大连理工大学
16. 华东师范大学
17. 东北大学
18. 同济大学
19. 北京工业大学
20. 西北工业大学。
建议：
清华大学和南京大学在软件工程专业排名中位列前茅，都是国内顶尖高校，建议优先考虑。
北京航空航天大学和上海交通大学也是软件工程专业非常优秀的学校，排名靠前，实力雄厚。
对于其他排名靠前的学校，如浙江大学、复旦大学、哈尔滨工业大学等，也都有各自的优势和特色，可以根据个人兴趣和职业规划进行选择。