南京的中医专业二本大学包括：
南京中医药大学：
这是江苏省唯一的一所中医药类高等院校，提供学士、硕士和博士学位。该校的王牌专业有药理学与毒物学、临床医学、生物与生化、中药学、护理学、针灸推拿学和中药资源与开发等。
南京医科大学：
虽然它以医学专业为主，但南京医科大学同样提供中医相关的课程和研究机会。
其他设有中医专业的院校：
如常州大学中医药学院、徐州医科大学、淮阴师范学院等，这些学校也提供中医专业的本科和研究生教育。
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