三本院校并没有全部算作二本院校。虽然有些三本院校已经并入本科招生的第二批，被称为二本，但原来的三本院校中，有一部分是独立院校，这些独立院校大多数已经演变成了民办院校。因此，现在的二本院校中，包括了一部分原来的三本院校，也就是人们今天所说的民办院校。
从学历层次上来说，二本和三本都是本科的学历，没有区别。它们之间的区别主要在于高考录取时的批次和录取分数。
所以，虽然有些三本院校已经并入二本批次，但三本院校并没有完全算作二本院校。原来的三本院校中，独立院校和民办院校仍然保持其独立性，并被称为二本院校中的一部分。