三本院校在面临教育改革时，可以考虑以下几个方面：
创新教学结构：
三本院校应该研究并分析自身的教学结构，制定出符合自身特色的教学改革创新方案，以培养具有综合能力强的创新人才为目标。
适应教育政策变化：
三本院校需要适应教育政策的更新，比如高考分科政策的调整，以及未来可能实施的本科院校和专科院校合并政策。
推进分类改革：
以创新为导向，推进高校改革，优化高等教育结构，提高创新能力，并引导高校在育人方式、办学模式、治学策略等领域进行改革。
加强应用技术型专业建设：
三本院校应加强应用技术型专业的建设，如生物技术专业，以提高教学质量，并适应社会与信息技术的发展。
优化学科专业布局：
三本院校应根据国家战略需求调整学科专业设置，确保学科专业布局服务于国家创新驱动发展战略。
改革课堂教学方式：
针对教学中出现的问题，对课堂教学方式进行改革，以提升学生学习主动性和教学效果。
学部制改革：
如郑州师范学院所实施的学部制改革，通过整合学科资源和优化学科结构布局，推动体制机制改革。
强化党的建设：
坚持党的领导，加强党的建设，以党建工作引领学校改革和发展。
激发内生动力：
通过专业训练和实践锻炼，激发干部的积极性和创造性，以推动学校的高质量发展。
营造良好氛围：
宽容改革创新中的失误，鼓励干部和学生勇于尝试和创新，形成积极向上的校园文化。
以上几点可以作为三本院校改革的参考方向。