巢湖市目前拥有两所大学：
巢湖学院：
这是一所安徽省属全日制普通本科院校，属于地方性应用型本科院校。它由巢湖师范学校升级而来，创建于1977年，前身是巢湖师范专科学校。巢湖学院坐落于合肥市巢湖半汤温泉养生度假区，毗邻著名五大淡水湖之一的巢湖。
合肥职业技术学院：
这是一所市属的综合性高职院校，是安徽省首批16所地方技能型高水平大学（A档），并且是国家“创新发展行动计划”优质专科高等职业院校。合肥职业技术学院的前身是巢湖职业学院，它是由当时的巢湖卫校和安徽汽车运输技工学校组建而成的。巢湖地级市撤消后，巢湖小市并入合肥市后，巢湖职业技术学院校名就改为合肥职业技术学院。
因此，巢湖市拥有一所本科大学，即巢湖学院，以及一所高职院校，即合肥职业技术学院。