临海的二本大学理科专业包括：
台州学院
台州学院是一所综合类大学，在台州市和临海市两地办学，办学始于1907年。学校开设了多个本科专业，其中工科专业接近50%。虽然台州学院没有自动化专业，但电子信息工程、电气工程及其自动化、计算机科学与技术（非师范）等专业与自动化专业差别不大，都是电子类专业，就业前景较好。
浙江工业大学
浙江工业大学简称浙工大，主校区位于浙江省杭州市，是教育部与浙江省人民政府共建的浙江省首批重点建设高校、国家“2011计划”首批牵头高校。虽然浙工大不是位于临海，但它是一所重点建设的大学，理科专业实力较强。
浙江师范大学
浙江师范大学位于浙江省杭州市，是一所以师范教育为特色的综合性大学。虽然它不是位于临海，但作为浙江省内重点大学，其理科专业也具备较高的教学水平。
宁波大学
宁波大学位于浙江省宁波市，是一所综合性大学，理科专业也较为齐全和强势。虽然它不是位于临海，但作为浙江省内重点大学，其理科专业也具备较高的教学水平。
这些大学在理科专业方面都有各自的优势和特色，可以根据个人兴趣和职业规划选择合适的大学和专业。建议进一步了解各大学的详细专业设置和就业情况，以便做出更明智的选择。