二本民办大学与自考本科是两种不同的高等教育形式，它们之间存在明显的差异：
教育性质与文凭
二本民办大学：属于国家承认的全日制本科学历教育，学生需要达到二本分数线并通过投档录取。毕业生获得的是国家承认的学历，毕业证书和学位证书上均会标明“普通高等学校”教育证书。
自考本科：是一种成人高等教育形式，没有固定的学制，学生通过自学和参加国家考试来获得学历。自考本科的毕业证书由省考委颁发，并需主考学校副署，同样国家承认，但在社会上可能会受到一些企业的歧视。
学费与学习方式
二本民办大学：学费通常较高，学生需要全日制在校学习。
自考本科：学费较低，主要费用为报考费用，学生可以边工作边学习，学习方式更为灵活。
含金量与社会认可度
二本民办大学：由于是全日制教育，其毕业证书在求职、升学等方面具有较高的认可度，尤其是对于公务员、司法考试等。
自考本科：虽然国家承认其学历，但在社会上的认可度相对较低，尤其是在一些需要全日制学历的场合。
入学门槛与难度
二本民办大学：需要达到一定的分数线并通过投档录取，难度相对较大。
自考本科：入学无门槛，但需要学生有较强的自学能力和毅力，通过所有考试才能获得学历，难度较大。
建议
如果追求全日制本科学历，并且家庭条件允许，建议选择二本民办大学。全日制学历在求职、升学等方面具有更高的认可度，并且学生可以全身心地投入到学习中。
如果希望以较低的成本获得本科学历，并且具备较强的自学能力和毅力，可以选择自考本科。虽然社会认可度相对较低，但自考本科的灵活性较高，学生可以根据自己的情况安排学习时间。
请根据个人情况和职业规划，综合考虑以上因素，做出最适合自己的选择。