商丘市的自费大学主要包括以下两所：
商丘工学院 主管部门：
河南省教育厅
所在地：商丘市
办学层次：本科
备注：民办大学，以理工科为主，同时包括经管、教育、医学等学科门类。
商丘学院 主管部门：
河南省教育厅
所在地：商丘市
办学层次：本科
备注：民办大学，原名河南农业大学华豫学院，后转设为民办普通本科院校，以工学为主，同时涵盖文学、艺术、农业等学科。
以上信息根据教育部公布的数据整理得出，排名不分先后。学费方面，民办大学的学费通常较公办高校高，具体费用请参考各个学校的最新招生简章。