元朝的教育体系以儒学为核心，其高等教育机构主要包括国子监和国子学。国子监是元朝的中央官学管理机构，同时也承担教学功能，它包括国子学、蒙古国子学和回回国子学等不同类型的学校，分别面向不同民族的学生。
国子学：成立于1269年，是元朝的中央官学，不分种族招收学生，后增至400名。学生包括宿卫大臣子孙、卫士世家子弟及七品以上朝官子孙等。
蒙古国子学：成立于1271年，主要面向蒙古人、色目人，使用蒙古文进行教学。
回回国子学：成立于1289年，主要面向波斯人，教授波斯文，培养翻译人才。
元朝的皇庆二年（1313年），元仁宗崇尚程朱理学，规定《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》使用朱熹的《四书章句集注》作为参考书目，使得《大学》单行本的注疏版本增多。
书院在元朝也占有重要地位，它们早于官学的建立，第一所书院创建于1236年。官方对书院采取了利用和严格控制的管理方式，使书院官学化，失去了原有的讲学特点。
元朝的皇家学院，作为最高学府，不仅传授儒学，也致力于传承和弘扬蒙古族文化，并促进多民族融合。
以上是元朝高等教育体系的简要概述