旗山校区有两所大学，分别是 福建农林大学和 福州大学。
福建农林大学旗山校区 位置：
福州市闽侯县大学城园区，北依溪源宫路，西南面旗山环抱，溪源江沿校区盘绕蜿蜒东去。
面积：占地面积832亩，规划校舍总建筑面积约36万平方米，一二期已建成并投入使用约21万平方米。
学院与机构：设有材料工程学院、机电工程学院、风景园林与艺术学院、交通与土木工程学院等四个学院，以及国家菌草工程技术研究中心、国家甘蔗工程技术研究中心等科研机构。
功能：承担本科及高层次人才培养、高新技术研发、科技成果孵化与技术转移三大功能。
福州大学旗山校区 位置：
福建省福州市福州大学旗山校区乌龙江北大道西侧，紧邻校园东入口。
面积：规划总用地面积约1.64万平方米，总建筑面积约4.97万平方米，其中地上建筑面积4.17万平方米，地下建筑面积0.80万平方米。
建筑：由一栋21层塔楼和4层裙房组成，2022年7月竣工并正式投入使用。
活动：曾举办福州大学2024年国际青年学者论坛暨中国海外学子福州大学行。
两所大学的旗山校区均位于福州市闽侯县大学城园区，福建农林大学旗山校区以理工科为主，福州大学旗山校区则侧重于研究生科研和学术交流。