民办大学在税务方面存在多个风险，主要包括以下几个方面：
增值税方面
民办高校通过教育服务活动获取的费用可以享受免征增值税的优惠政策，但部分高校为满足优惠政策的使用条件，对各类收费项目进行混淆核算，可能会引发税务风险。
企业所得税方面
目前税收政策没有对营利性与非营利性民办高校进行明确区分，一律按照企业所得税征收税费的方式缴纳企业所得税，增加了非营利性高校的税务成本。
部分非营利性高校在没有进行税务备案的情况下，按照非营利性高校的标准进行税务筹划，会造成高校少缴纳企业所得税，容易引发高校税务稽查风险。
个人所得税方面
新政策实施综合征收的方法征收个人所得税，这在一定程度上使高校教师的个税税负处于较高的水平，影响了教师对科研项目投入的积极性与履行纳税义务的自觉性。
管理层忽略税务工作的重要性，缺乏专业人员
部分民办高校管理层不重视税务管理工作，认为税务管理即按期进行纳税申报及税款缴纳，不被税务机关约谈或未被行政处罚，便以为不存在税务风险。
由于会计核算人员并非专业从事税务人员，很难敏锐地抓到税法及税收政策的变化，无法灵活运用税收优惠政策进行合理税收筹划。
税务管理机制不规范，制度不健全
部分民办高校税收管理行为不够规范，票据管控不够严谨，缺乏相关审核机制，可能导致漏报、错报税款，给学校税务管理带来极大风险。
例如，涉税业务整个过程仅由办税人员负责，没有审核人员进行审查把控，结果导致在纳税申报时，漏报、错报使得民办高校少缴税或多缴税。
综上所述，民办大学在税务方面存在较为严重的问题，需要引起高度重视，并采取有效措施进行规范和整改，以避免潜在的税务风险和处罚。建议民办高校加强税务管理，提高税务人员的专业素质，完善税务管理制度，确保合法合规经营。