三本大学日语专业学生留学日本的方式和选择可以参考以下几点：
研究生
研究生：在国内读一年左右的研究生，再考修士。这种方式适合有明确职业规划和学术追求的学生，可以通过研究生阶段的学习和研究，提升自己的专业水平和研究能力，为将来在日本就业或进一步深造打下基础。
交换生
交换生：如果有机会，可以申请交换生项目，到日本的大学进行为期一个学期的学习。这不仅可以提高日语水平，还可以了解日本的文化和生活，为将来的留学或工作积累经验。
语言学校
语言学校：可以选择去日本的语言学校学习日语，然后再申请研究生或修士。语言学校可以提供系统的日语教学，帮助学生提高语言能力，并通过与日本人交流，了解日本文化。
直接申请修士
直接申请修士：如果日语水平较高，有一级证书，也可以直接申请日本的修士课程。这种方式对学生的学术背景要求较高，但成功率高，适合有较强学术能力和研究计划的学生。
选择学校
在选择学校时，可以考虑以下几所：
东京外国语大学
特色：优秀的国立大学，国际日本学部有大量英语教学，培养国际化人才。
早稻田大学（大学院）
特色：日语教育研究科成立于2001年，是日本唯一的独立日语教育大学院，师资力量强大，研究课题广泛。
关西地区的大学
推荐学校：关西地区的大学如关关同立、立命馆等，虽然立命馆要求较高，但性价比较低。此外，大阪大学、神户大学等也是不错的选择。
注意事项
语言能力
日语水平是申请的关键，最好有一级证书，并且能够通过日本的日语能力测试（JLPT）N1。
学术背景
虽然三本大学背景不是决定性因素，但良好的学术表现和研究成果会增加申请的成功率。
实习和交换经历
如果有实习或交换经历，会大大增加申请的成功率，也可以为将来的学习和就业增添亮点。
准备材料
准备好留学所需的材料，如护照、签证、留学申请表、资金证明等，并仔细研究目标学校的申请流程和要求。
综上所述，三本大学日语专业学生留学日本有多种选择，可以根据自身情况和目标选择合适的方式和学校。建议提前规划，充分准备，以提高申请的成功率。