三本大学改革的主要原因包括：
合并录取批次：
为了减少录取环节，改变因录取层次引起的社会对独立学院、民办本科高校学生的歧视问题，多个省份已经取消三本，合并一本和二本。
促进平等竞争：
分批次录取人为地将高校分为不同等级，不利于高校之间的平等竞争。合并批次有助于打破这种层级划分，使得不同层次的高校能够在同一平台上公平竞争。
拓宽学生选择机会：
合并本科第一、二批次后，考生填报高校志愿的空间并未减少，但有助于引导考生根据自身兴趣特长和社会对人才的需求填报志愿，从而有更多的选择空间。
推进素质教育：
合并批次有助于高中学校破除盲目追求“一本率”的压力，减轻师生不合理教学负担，深入推进素质教育，创建校本特色。
促进高校特色发展：
合并批次有助于高校从基于分数的分层招生逐步走向基于兴趣的分类招生，提升人才培养质量，推动高校面向经济社会发展需要，自主发展，办出特色。
减少社会歧视：
取消三本批次录取有助于减少社会对三本院校学生的歧视，虽然短期内可能观念上难以改变，但长期来看有助于形成更为公平的教育环境。
提高招生效率：
在当前市场经济和计算机大数据时代，分批次录取的技术手段已经过时，合并批次可以提高招生效率，减少行政成本。
综上所述，三本大学的改革主要是为了促进教育公平、提高教育质量，以及更好地适应社会发展的需求。通过合并录取批次，可以拓宽学生的选择机会，促进高校特色发展，减少社会歧视，并提高招生和录取的效率。