民办大学在涉税问题上存在以下几方面的风险：
增值税方面
民办高校通过教育服务活动获取的费用可以享受免征增值税的优惠政策，但高校通过其他渠道获得的社会投资、赞助费用等需要缴纳增值税。
部分民办高校为满足优惠政策的使用条件，对各类收费项目进行混淆核算，可能导致税务风险。
企业所得税方面
税收政策没有对营利性与非营利性民办高校进行明确区分，一律按照企业所得税征收税费的方式缴纳企业所得税，增加了非营利性高校的税务成本。
部分非营利性高校在没有进行税务备案的情况下，按照非营利性高校的标准进行税务筹划，会造成高校少缴纳企业所得税，容易引发税务稽查风险。
民办高校如果将免缴增值税的项目计入企业所得税的免税收入，可能会导致少缴企业所得税，这缺乏法律依据。
个人所得税方面
新政策实施综合征收的方法征收个人所得税，这在一定程度上使高校教师的个税税负处于较高的水平，影响了教师对科研项目投入的积极性与履行纳税义务的自觉性。
管理层忽略税务工作的重要性，缺乏专业人员
部分民办高校管理层不重视税务管理工作，认为税务管理即按期进行纳税申报及税款缴纳，不被税务机关约谈或未被行政处罚，便以为不存在税务风险。
由于会计核算人员并非专业从事税务人员，很难敏锐地抓到税法及税收政策的变化，无法灵活运用税收优惠政策进行合理税收筹划。
税收管理人员意识淡薄及缺乏专业性，常常会给民办高校面临补交税款、滞纳金或行政罚款的风险。
税务管理机制不规范，制度不健全
部分民办高校税收管理行为不够规范，票据管控不够严谨，缺乏相关审核机制。
涉税业务整个过程仅由办税人员负责，没有审核人员进行审查把控，导致在纳税申报时漏报、错报，给民办学校税务管理带来极大的风险。
对增值税发票的领购、开具、核销等行为不加管制，可能导致发票丢失、毁损等，从而受到处罚。
税收优惠政策理解偏差
民办高校对税收优惠政策理解存在偏差，例如将不符合免税条件的收入错误地计入免税收入，导致少缴税款。
部分民办学校隐藏真实收入，采用“两套账簿”进行核算，分别管理内外账，通过现金交易等方式避开税收监管，逃避了增值税与企业所得税的纳税义务。
收入构成的多样性使得涉税业务复杂化
民办高校收入构成的多样性使得涉税业务越来越复杂，面临较大的涉税风险。
综上所述，民办大学在涉税问题上需要加强税务管理，规范税务行为，提高税务人员的业务水平，正确理解和运用税收优惠政策，以避免潜在的税务风险。