南京的二本大学主要指的是在 南京地区招收本科第二批次的大学。这些大学在全国招生中既有第一批次招生也有第二批次招生，如果是一本批次招生，我们可以认为它是一本大学；如果高校在考生省份是本科二批招生的话，也可以说这些大学是二本。
具体来说，南京的二本大学包括：
1. 河海大学
2. 南京师范大学
3. 南京信息工程大学
4. 南京邮电大学
5. 南京工业大学
6. 南京林业大学
7. 南京医科大学
8. 南京中医药大学
9. 南京财经大学
10. 金陵科技学院
11. 南京工程学院
12. 南京审计大学等。
其中，部分高校如河海大学、南京师范大学等，既可以算一本大学，也可以算二本大学，因为它们在全国不同省份的招生批次有所不同。
建议学生在选择大学时，可以综合考虑学校的办学实力、专业特色、就业前景等因素，以找到最适合自己的学校。