民办大学机构设置通常包括以下部门：
董事会 ：作为最高决策机构，负责制定学校的发展战略和重大决策。校长：
作为学校的法定代表人，负责学校的日常管理工作。
副校长：
协助校长处理学校事务。
职能部门
教务处：负责教学管理工作。
学生处：负责学生管理工作。
科研处：负责科研管理工作。
资产处：负责管理校园里的贵重物品。
学生工作处：负责学生的思想政治教育、心理健康教育、日常管理等。
团委：负责学生团组织的相关工作。
学术委员会：负责学术事务。
纪律检查委员会：负责纪律监督。
行政部门：负责全校的日常行政工作。
党委部门：
主要负责政治工作，带领全校紧跟党的步伐前进，包括学习、宣传和执行党的路线、方针、政策，讨论决定学校改革和发展中的重大问题，领导学校的思想政治工作和德育工作，负责干部的选拔、教育、培养、考核和监督，以及领导学校的工会、共青团、学生会等群众组织和教职工代表大会等。
这些部门共同协作，确保学校的正常运行和发展。建议民办大学在设置机构时，充分考虑各职能部门的职责和相互关系，以实现高效管理和运转。