民办大学存在的风险主要包括以下几个方面：
税务风险
增值税：部分民办高校为满足优惠政策的使用条件，对各类收费项目进行混淆核算，可能导致税务风险。
企业所得税：税收政策对营利性与非营利性民办高校没有明确区分，统一征收企业所得税，增加了非营利性高校的税务成本。同时，部分非营利性高校在没有进行税务备案的情况下进行税务筹划，可能引发税务稽查风险。
个人所得税：新政策实施综合征收方法，使高校教师的个税税负较高，影响其科研投入和纳税自觉性。
管理层忽略税务工作：缺乏专业人员，难以把握税法及税收政策变化，无法灵活运用税收优惠政策进行合理筹划，可能导致补交税款、滞纳金或行政罚款。
税务管理机制不规范：制度不健全，票据管控不严谨，缺乏相关审核机制。
财务管理风险
筹资风险：民办高校主要依赖学费收入，资金来源单一，贷款可能带来资金压力和资本成本。
投资风险：投资者可能挪用私款，管理者可能高估教学发展空间，导致资金管理不当和资金链断裂。
运营风险：财务管理不够完善，可能导致资金链断裂。
法律政策风险
员工聘用风险：《劳动合同法》实施后，用人单位与劳动者之间的纠纷增多，需要依法聘用、管理、处分、解聘员工。
规章制度的合法性、有效性风险：规章制度需要依法制定、公布且内容不违法，否则可能引发纠纷。
知识产权风险：包括著作权风险和商标权风险，需要明确员工智力成果的著作权归属和使用方式。
学生人身伤害事故风险：民办学校需要承担学生安全职责和可能的法律责任。
生源质量风险
生源质量下降：随着公办高校扩招和民办高校招生宣传不足，民办高校面临生源质量下降的问题。
教学质量风险
教学质量不稳定：民办高校的办学质量和水平参差不齐，可能影响学生的学习和发展。
就业风险
毕业生就业问题：部分民办高校的毕业生就业率较低，影响学校声誉和生源质量。
社会舆论风险
社会舆论评价：社会对民办高校的评价可能影响其社会形象和可持续发展。
竞争风险
高校竞争风险：民办高校面临来自同类其他民办高校和公立高校的竞争压力。
产权和治理风险
产权结构复杂：民办高校的产权结构复杂，治理机制不尽完善，规范办学相关法律政策尚在逐步落实中。
政策和监管风险
政策支持力度有限：民办大学可能无法享受到与公办大学同等的优惠政策。
法律和监管环境：民办大学在法律和监管方面的不确定性可能影响学校的长期规划和发展。
综上所述，民办大学在运营过程中面临多方面的风险，需要从税务、财务、法律、生源、教学、就业、社会舆论、竞争、产权和治理、政策及监管等多个方面进行风险管理和风险防范。